Wow, Para Peneliti Sekarang Dapat Mengumpulkan dan Mengurutkan DNA dari Udara ...

Wow, Para Peneliti Sekarang Dapat Mengumpulkan dan Mengurutkan DNA dari Udara Kita membuang DNA di mana-mana, termasuk di udara, menurut sebuah studi baru.

SHNet, Jakarta – Untuk pertama kalinya, para peneliti mengumpulkan DNA hewan hanya dari sampel udara, menurut sebuah studi baru.

DNA yang ditumpahkan makhluk hidup, manusia dan lainnya ke lingkungan disebut DNA lingkungan (eDNA). Mengumpulkan eDNA dari udara untuk mempelajari spesies yang hidup di sana telah menjadi hal yang lumrah, tetapi hingga saat ini, belum ada yang mencoba mengumpulkan eDNA hewan dari udara.

“Apa yang kami ingin ketahui adalah apakah kami dapat menyaring eDNA dari udara untuk melacak keberadaan hewan darat,” kata penulis studi Elizabeth Clare, seorang ahli ekologi di Queen Mary University of London, dalam video abstrak untuk studi tersebut, yang diterbitkan pada Maret. 31 di jurnal PeerJ.

“Kami tertarik apakah kami dapat menggunakan ‘airDNA’ ini sebagai cara untuk menilai spesies apa yang ada di liang atau gua di mana kami tidak dapat dengan mudah melihat atau menangkapnya,” tambahnya.

Sebagai percobaan pembuktian konsep, Clare dan rekan-rekannya mencoba mengumpulkan DNA dari udara di fasilitas hewan yang menampung organisme model, tikus mondok telanjang. Para peneliti mendeteksi DNA manusia dan tikus mol di udara baik dari kandang tikus mol dan ruangan tempat kandang itu ditempatkan.

“Demonstrasi bahwa DNA dari hewan yang relatif besar juga dapat dideteksi dalam sampel udara secara dramatis memperluas potensi analisis eDNA di udara,” kata Matthew Barnes, seorang ahli ekologi di Texas Tech University, di Lubbock, yang tidak terlibat dalam studi baru tersebut seperti dilansir Live Science.

Dalam dekade terakhir, pengumpulan dan analisis eDNA untuk mempelajari dan mengelola populasi tumbuhan dan hewan telah meningkat pesat, kata Barnes. “Analogi yang saya gunakan adalah seperti detektif di TKP, menemukan puntung rokok dan menyeka DNA untuk menempatkan penjahat di TKP. Kami melakukannya dengan eDNA kecuali daripada mencari penjahat, kami mencari untuk spesies langka atau sulit ditangkap, “kata Barnes. Spesies itu mungkin terancam punah atau spesies invasif yang baru di lingkungan, katanya.

Sebelum studi ini, beberapa peneliti telah mengumpulkan DNA tanaman dari udara, tetapi sebagian besar eksperimen tersebut melibatkan tanaman yang “diharapkan dengan sengaja melepaskan gumpalan DNA ke udara dalam bentuk serbuk sari dan menyebarkan biji,” kata Barnes. Hewan, di sisi lain, tidak melakukan itu. “Kami tidak tahu apakah ini akan berhasil,” kata Clare pada Live Science.

Tapi sementara hewan tidak menembakkan spora serbuk sari ke udara, mereka melepaskan DNA dalam bentuk air liur dan sel kulit mati, misalnya. Untuk melihat apakah eDNA hewan dari sumber ini dapat dikumpulkan, Clare dan rekan-rekannya menyedot udara dari kandang tikus mol telanjang dan dari ruangan yang menampung kandang melalui filter yang mirip dengan filter HEPA yang biasa ditemukan di sistem pemanas dan ventilasi. Para peneliti kemudian mengekstraksi DNA dari filter dan mengurutkannya. Untuk mengidentifikasi spesies asal DNA, para peneliti membandingkan urutan tersebut dengan urutan referensi dalam database.

Penemuan DNA manusia di dalam kandang hewan pada awalnya mengejutkan para peneliti, kata Clare kepada Live Science. Namun, mengingat bahwa manusia merawat tikus mondok, masuk akal jika ditinjau kembali, kata Clare.

Kehadiran DNA manusia di hampir setiap sampel dari penelitian ini merupakan “rintangan utama,” kata Barnes. Di satu sisi, hal itu menunjukkan dengan menggembirakan bahwa metode pendeteksian itu sensitif, kata Barnes. Tapi “ini juga bisa menunjukkan bahwa sampel di udara sangat mudah terkontaminasi DNA dari tim peneliti, terutama ketika mamalia menjadi target analisis,” tambahnya.

Untuk menghindari kontaminasi seperti itu, para peneliti mungkin harus menggunakan teknik ruang bersih – pikirkan filter udara, jubah dan jaring rambut – untuk menghindari penambahan DNA mereka ke lingkungan yang mereka pelajari atau sampel DNA tempat mereka bekerja, katanya.

Di masa depan, para ilmuwan berharap dapat menggunakan teknik ini untuk memantau spesies hewan di tempat tinggal yang sulit dijangkau. “Saya bisa membayangkan memasukkan sebuah tabung ke dalam kandang atau ke bawah sistem terowongan dan menghisap udara dari sistem itu daripada harus mencoba dan melacak hewan untuk mencari tahu apa yang ada,” kata Clare pada Live Science.

Ini mungkin juga cara yang baik untuk mendeteksi spesies yang ada tetapi langka di lingkungan tertentu, seperti spesies yang terancam punah, tambahnya. Dan itu bisa membantu mendeteksi spesies tanpa berinteraksi dengannya, yang bisa menguntungkan, kata Barnes. “[Metode ini mungkin] memberi kita kesempatan untuk mensurvei organisme tanpa harus menangani mereka dan membuat mereka stres,” katanya.

Apakah analisis eDNA akan memungkinkan para ilmuwan memperkirakan ukuran populasi, atau jumlah hewan yang hidup di suatu tempat tinggal, masih menjadi bahan perdebatan, tetapi Clare mengatakan bahwa menurutnya tidak baik untuk itu. “Terlalu banyak langkah dalam prosedur yang dapat menyebabkan jumlah DNA yang Anda kumpulkan bervariasi,” katanya.

Sekarang Clare dan rekannya sedang mempelajari seberapa jauh airDNA dapat melakukan perjalanan dan bagaimana ukuran
ruang mempengaruhi seberapa banyak eDNA dapat dideteksi, kata Clare dalam abstrak video.

Langkah penting lainnya dalam studi airDNA hewan adalah mencoba mengumpulkan airDNA dari hewan di luar ruangan, daripada di laboratorium penelitian, kata Barnes. (Ina)